乙酉六月，即皇帝位於高阝南，大赦，改元建武元年。上以寇恂文武足備，有牧民禦眾之才，拜恂為河內太守。恂調餱糧，治器械以供軍，未曾乏缺。時朱鮪堅守不下，帝以廷尉岑彭曾為鮪校尉，令往說之。鮪日：「大司馬被害時，鮪預其謀，又諫更始毋令蕭王北伐，自知罪大，不敢降。」彭還報。帝曰：「舉大事者，不忌小怨。鮪降，官爵可保，況誅罰乎。河水在此，吾不食言。」彭復以告。鮪面縛詣河陽降。帝解其縛，拜平狄將軍，封扶溝侯。

十月，軍駕入洛陽，遂定都焉，立祖廟于洛陽。劉恭知赤眉必敗，密教盆于歸璽綬。刁為辭讓之言，及正旦大會，盆于下床解玉綬，叩頭曰：「今設置縣官，而為賊如故，四方怨恨，此皆所立非人所致，願乞骸骨，以避賢路。如必欲釘盆子以宣塞責，無所逃死。」因涕泣欷歔。崇等避席頓首曰：「臣無狀，負陛下，請後不敢。」因共抱持盆子，帶以璽綬，既罷，出，各閉營自守，三輔安然。稱天子聰明。百姓爭還，長安市裡且滿。後二十餘日，復出大掠如故。長安城中糧盡，赤眉縱火殺掠，遂入安定北地，鄧禹引兵至長安，軍昆明池，謁高廟，收十一帝神主，送詣洛陽。赤眉欲西至上隴，隗囂擊破之，又遇大雪，人多凍死，及復還，發掘諸陵，取其寶物，污辱呂太后屍。鄧禹擊之，不利，禹乃出之雲陽。赤眉復入長安。鄧禹威名日損，又乏糧食，數戰不利，帝乃遣偏將軍馮異代禹，征禹還。禹慚受任無功，要與異共攻赤眉，異曰：「赤眉尚多，可以恩信傾誘，難猝用兵破也。」禹不聽，遂戰，大敗，禹以二十四騎脫歸宜陽。異棄馬奔回溪，歸營堅壁自守。馮異再整兵，與赤眉約期會戰，使壯士變服，與赤眉兵同，伏于道側。旦日，赤眉攻異，異縱兵大戰。日昃，賊氣衰，伏兵猝起，衣服相亂，赤眉驚潰，追擊，大破之。赤眉餘眾東向宜陽。帝親勒六軍，嚴陣以待之。赤眉驚恐，遣劉恭乞降曰：「盆子將百萬眾降，陛下將何以待之？」帝曰：「待汝以不死耳！」盆子及相徐宣以下三十餘人，肉袒降。上所得傳國璽綬，積兵甲宜陽城西，與熊耳山齊。赤眉尚有十餘萬人，帝令縣廚皆賜食。明日，大陳兵馬臨洛水，令盆子君臣列觀。帝謂樊崇等曰：「得毋悔降乎？」

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徐宣叩頭曰：「今日得降，猶去虎口歸慈母，誠歡誠喜，無所恨也。」帝曰：「卿所謂鐵中錚錚，傭中佼佼者也。」帝憐盆子，以為趙王郎中，賜樊崇等洛陽田宅。其後樊崇、逢安以反誅；徐宣、楊音卒於鄉裡；劉恭為更始報仇，殺謝祿，自投獄，帝赦不誅，後為更始子壽光、候鯉所殺。盆子後病失明，賜滎陽均輸地，使食其稅終身。

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初，帝之討王郎也，漁陽太守彭寵發突騎以助軍，轉糧食前後不絶，帝以為大將軍，封列侯。及帝追銅馬至薊。寵自負其功，意望甚高，帝接之，不能滿其意，以此懷不平。吳漢、王梁皆寵所遣，併為三公，而寵無所加，愈怏怏。至是有詔征寵入朝，其妻及所親信吏皆勸勿就征，遂發兵反。幽州牧朱浮以書責之曰：「往時遼東有豕，生子白頭，異而獻之。行至河東，見群豕皆白，懷慚而返。以子之功，論于朝廷，猶白豕也，今乃愚妄，自比六國，豈不誤哉！」寵不聽，攻朱浮于薊，寵又遣使誘耿況同反，況斬其使。涿郡太守張豐反，與彭寵連兵，朱浮上書求救。浮城中糧盡，會耿況遣兵來救，浮乃得脫，薊遂降寵。寵自稱燕王，攻拔右北平、上谷數縣，北連匈奴，南結張步及富平獲索諸賊，聲勢大張。征虜將軍蔡遵等討張豐，斬之。帝詔建威大將軍耿拿，進擊寵，弇使其子舒襲擊匈奴，斬匈奴兩王，寵退走。寵齋居密室，蒼頭子密等三人因寵臥寐，共縛于床，矯寵命，使諸吏歸休。縛其奴婢，又以寵呼其妻，妻入驚曰：「奴反？」奴擊其頰。寵急呼曰：「趣為諸將軍辦裝。」兩奴將其妻入取寶物，使妻縫兩縑囊裝之，昏夜後，解寵手，令作記，告城門校尉速開門。書成，斬寵及妻頭，馳出城，詣闕。寵尚書韓立等立其子午為王，國師韓利斬之，詣蔡遵降。帝封子密為不義侯，燕地悉定。淮南李憲，王莽末為虛江連帥，因據廬江，稱王四年，稱帝三年。揚武將軍馬成破走之，其軍士帛應斬之以降。

初，梁王劉承之叛更始也，使沛人周廷等攻下濟陰、山陽、沛、楚、淮、陽、汝南等地，又遣使拜西防賊帥佼僵為橫行將軍，東海賊帥董憲為翼漢將軍，琅琊賊帥張步為輔漢將軍，遂專據東方，未幾稱帝于睢陽。更始將蘇茂降永，張步治兵于劇，遣將巡泰山、東萊、城陽、膠東、濟南、齊郡、北海，皆下之。

帝遣虎牙大將軍蓋延克睢陽，劉永走保湖陵，延遂定沛、楚、臨淮等地。帝使大中大夫伏隆持節使青、徐二州，招降郡國。

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