創辦報紙遇到了異乎尋常的困難，首先是缺少必要的資金，因此中央委員會派到德國各地建立同盟新支部和創辦工人協會的特使也都努力為報紙籌集資金，但工人們和無產階級化的手工業幫工手裡沒有錢，至于那些擁有資財的自由資產階級，當然誰也不會把資金交給這位撰寫過許多無產階級戰鬥性著作的前《萊茵報》主編，供他創辦一份革命民主主義的機關報。
在烏培河谷有很多朋友和熟人的恩格斯，招股也沒有大的喜色。
「很遺憾，認股的事，在這裡很少希望。……問題的實質是，在這裡甚至連激進的資產者都把我們看成是他們未來的主要敵人，不願意把武器交到我們手裡，因為我們很快地把它掉轉頭來反對他們自己。」
「從我的老頭那里根本什麼也弄不到。……他寧願叫我們吃1000顆子彈，也不會送給我們一個塔勒。」
辦報所需要的流動資金估計要3萬塔勒，這些資本原來打算按50塔勒一股招收，但到5月底，認股總數只有1300塔勒。
馬克思又從父親的遺產中拿出 3000塔勒，並儘可能徵求收取訂費：恩格斯從父親給的生活費中擠出了幾百塔勒，千方百計找人認了 14股，總共籌集到了1.3萬塔勒，暫時勉強解決了出版報紙的資金問題。
報紙取名《新萊茵報》，這是因為一方面表示同過去馬克思主編的《萊茵報》有繼承關係，一方面加上「新」字以說明兩者之間有差異，報紙的副標題是《民主派機關報》。

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報紙原設想在 7月 1日出版，由於革命形勢發展迅速，反動派迫害的步子也在加快，馬克思決定報紙提前出版。報紙創刊號曾對此作了說明：“鑒於反動派實行新的無恥發動，可以預料德國的 9月法令很快就要頒佈，因此，我們決定利用自由環境中的每一天，從 6月 1日就開始出報。5月31日晚《新萊茵報》創刊號排版印刷完畢。報販們來到編輯部，取走剛印好的報紙，立即分送到科倫全城，馬克思渴望已久的無產階級宣傳武器《新萊茵報》終於誕生了。
在報紙的編輯部裡，馬克思任總編輯，編委會的成員是恩格斯、維爾特、德朗克、斐·沃爾弗、畢爾格爾斯、威廉·沃爾弗。威廉·沃爾弗兼任秘書。馬克思的工作量非常大。他要擬定報紙每天的編排計劃，撰寫社論，同國內外通訊員聯繫，選用他們送來的消息，編審大部分稿件，同國內許多進步報刊交往。
除了保證每天按時出版，還要經常出版號外和傳單，並設法把它們散髮到萊茵省和其他地方。此外，處理報紙的財產要花費他不少時間，同當局和反動勢力的威脅和糾纏、同自由派報刊的誹謗作鬥爭等等，也耗去了許多精力。總而言之，馬克思是編輯部的靈魂，恩格斯說，馬克思的任何決定，「對我們來說是理所當然毋庸置疑的，所以我們大家都樂於接受它。」

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《新萊茵報》從創刊號直到最後一號，始終都忠實地遵循自己的政治綱領，國家統一、民主、共和的社會主義思想像一條紅線一樣，貫穿在每一期《新萊茵報》上。
由於《新萊茵報》始終堅持把民主革命進行到底和支持一切民族的解放鬥爭，它贏得了廣大人民和堅定的民主派的信任。3個月內它的印數就達到了5000份，這是當時德國極少數幾家報紙才能達到的數字。同時它的鮮明的政治立場也自然引來了德國封建勢力和大資產階級的敵視和迫害，創刊號的文章激烈反對資產階級議會這個「清談館」的行徑，使一半資產階級股東退出，剩下的一半股東由於馬克思堅決支持巴黎工人六月起義也全部退出了。7月6日科倫法院傳訊馬克思，控告他侮辱國家官吏和警政人員，搜查了報紙編輯部。
8月初科倫警察廳通知馬克思，科倫市政當局不承認他是「普魯士臣民」，妄圖再次把他驅逐出境。9月26日科倫實行戒嚴，《新萊茵報》同其他民主派報紙被勒令停刊。
馬克思、恩格斯和他們的戰友經過種種努力，使報紙于 10月 12日復刊。11月 14日馬克思再次被法院傳訊，1849年 2月初普魯士政府又接連兩次控告馬克思危害國家，馬克思在法庭上義正辭嚴為《新萊茵報》的文章進行辯護，無情地揭露政府的種種無恥的迫害。1849年5月，普魯士反動政府相繼鎮壓了德累斯頓、愛北斐特等地的人民起義後，又立即把刺刀對準了《新萊茵報》……他坐在辦公室，長長的黑髮垂肩披着，蓬鬆的黑色鬍鬚裡那張豐潤黝紅的嘴唇微微地閉着，大刀闊斧的筆圈閲一篇篇稿件，撰寫一篇篇檄文……好一個威嚴的總編。
一個聽了馬克思在萊茵大會上演講的卡爾大學生說：「馬克思當時30歲，就在那時候他無疑已經是社會主義思想界的首腦人物，他體魄健壯，額部寬闊，留着長長的黑髮和蓬鬆的鬢鬚，立刻引起大家的注意。他被認為是他那個專門領域的大行家；不能否認，他所講的都很明了，邏輯性很強，而且很重要，但是我一生中從未遇到過像他那樣高傲到令人難以忍受的人。」
《紐約每日論壇報》當時駐科倫記者阿伯特說：「他的面孔和整個體態都煥發出充沛的精力，但是在他的溫和而矜持的神情後面，任何人都能看得出燃燒着勇猛精神的熊熊烈焰。」

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