建德自滎陽西上，築壘于板渚，太宗屯武牢，相持二十餘日。諜者曰：「建德伺官軍芻盡，候牧馬于河北 ，因將襲武牢。」太宗知其謀，遂牧馬河北以誘之。詰朝，建德果悉眾而至，陳兵氾水，世充將郭士衡陣于其南，綿互數里，鼓噪，諸將大懼。太宗將數騎升高丘以望之，謂諸將曰：「賊起山東，未見大敵。今度險而囂，是無政令；逼城而陣，有輕我心。我按兵不出，彼乃氣衰，陣久卒饑，必將自退，追而擊之，無往不克。吾與公等約，必以午時後破之。」建德列陣，自辰至午，兵士饑倦，皆坐列，又爭飲水，逡巡斂退。太宗曰：「可擊矣！」親率輕騎追而誘之，眾繼至。建德回師而陣，未及整列，太宗先登擊之，所向皆靡。俄而眾軍合戰，囂塵四起。太宗率史大奈、程咬金、秦叔寶、宇文歆等揮幡而入，直突出其陣後，張我旗幟。賊顧見之，大潰。追奔三十里，斬首三千餘級，虜其眾五萬，生擒建德于陣。太宗數之曰：「我以干戈問罪，本在王世充，得失存亡，不預汝事，何故越境，犯我兵鋒？」建德股慄而言曰：「今若不來，恐勞遠取。」高祖聞而大悅，手詔曰；「隋氏分崩，崤函隔絶。兩雄合勢，一朝清蕩。兵既克捷，更無死傷。無愧為臣，不憂其父，並汝功也。」乃將建德至東都城下。世充懼，率其官屬二千餘人詣軍門請降，山東悉平。太宗入據宮城，令蕭瑀、竇軌等封守府庫，一無所取，令記室房玄齡收隋圖籍。於是誅其同惡段達等五十餘人，枉被囚禁者悉釋之，非罪誅戮者祭而誄之。大饗將士，班賜有差。高祖令尚書左仆射裴寂勞于軍中。
六月，凱旋。太宗親披黃金甲，陣鐵馬一萬騎，甲士三萬人，前後部鼓吹 ，俘二偽主及隋氏器物輦輅獻於太廟。高祖大悅，行飲至禮以享焉。高祖以自古舊官不稱殊功，乃別表徽號，用旌勛德。
十月，加號天策上將、陝東道大行台，位在王公上。增邑二萬戶，通前三萬戶。賜金輅一乘，袞冕之服 ，玉璧一雙，黃金六千斤，前後部鼓吹及九部之樂，班劍四十人。于時海內漸平，太宗乃鋭意經籍，開文學館以待四方之士。行台司勛郎中杜如晦等十有八人為學士，每更直閣下，降以溫顏，與之討論經義，或夜分而罷。未幾，竇建德舊將劉黑闥舉兵反，據洺州。

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十二月，太宗總戎東討。五年正月，進軍肥鄉，分兵絶其糧道，相持兩月。黑闥窘急求戰 ，率步騎二萬，南渡洺水，晨壓官軍。太宗親率精騎，擊其馬軍，破之，乘勝蹂其步卒，賊大潰，斬首萬餘級。先是，太宗遣堰洺水上流使淺，令黑闥得渡。及戰，乃令決堰，水大至，深丈餘，賊徒既敗，赴水者皆溺死焉。黑闥與二百餘騎北走突厥，悉虜其眾，河北平。時徐圓朗阻兵徐、兗，太宗回師討平之，於是河、濟、江、淮諸郡邑皆平。十月，加左右十二衛大將軍。

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七年秋，突厥頡利、突利二可汗自原州入寇，侵擾關中。有說高祖云：「只為府藏子女在京師，故突厥來，若燒卻長安而不都 ，則胡寇自止。」高祖乃遣中書侍郎宇文士及行山南可居之地，即欲移都。蕭瑀等皆以為非，然終不敢犯顏正諫。太宗獨曰：「霍去病，漢廷之將帥耳，猶且志滅匈奴。臣忝備籓維，尚使胡塵不息，遂令陛下議欲遷都，此臣之責也。幸乞聽臣一申微效，取彼頡利。若一兩年間不繫其頸，徐建移都之策，臣當不敢復言」。高祖怒，仍遣太宗將三十餘騎行剗。還日，固奏必不可移都，高祖遂止。八年，加中書令。
九年，皇太子建成、齊王元吉謀害太宗。六月四日，太宗率長孫無忌、尉遲敬德、房玄齡、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知節、秦叔寶、段志玄、屈突通、張士貴等於玄武門誅之。甲子，立為皇太子，庶政皆斷決。太宗乃縱禁苑所養鷹犬 ，並停諸方所進珍異，政尚簡肅，天下大悅。又令百官各上封事，備陳安人理國之要。己巳，令曰：「依禮，二名不偏諱。近代已來，兩字兼避，廢闕已多，率意而行，有違經典。其官號、人名、公私文籍，有『世民』兩字不連續者，並不須諱。」罷幽州大都督府。辛未，廢陝東道大行台，置洛州都督府，廢益州道行台，置益州大都督府。壬午，幽州大都督廬江王瑗謀逆，廢為庶人。乙酉，罷天策府。七月壬辰，太子左庶子高士廉為侍中，右庶子房玄齡為中書令，尚書右仆射蕭瑀為尚書左仆射，吏部尚書楊恭仁為雍州牧，太子左庶子長孫無忌為吏部尚書，右庶子杜如晦為兵部尚書，太子詹事宇文士及為中書令，封德彞為尚書右仆射。

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