鹹豐元年，甘泉閘河撐堤潰塌三十餘丈，河決豐縣，山東被淹，運河漫水，漕艘改由湖陂行。先是戶部尚書孫瑞珍言十字河為全漕之害，若於河西改寬新河，以舊河為囊沙，於彭口作滾壩，納濁水而漾清流，漕船無阻，可省起剝費二十萬。下東河總督顏以燠議。至是以燠言：「改挖新河事無把握，無庸輕議更張。」報聞。二年，決北運河北寺莊堤，命尚書賈楨、侍郎李鈞勘堵，並改次年漕糧由海道運津。自是遂以海運為常。同治而後，更以輪舶由海轉運，費省而程速，雖分江北漕糧試行河運，然分者什一，藉保運道而已。五年，銅瓦廂河決，穿運而東，堤墊沖潰。時軍事正棘，僅堵築張秋以北兩岸缺口。民墊殘缺處，先作裹頭護埽，黃流倒漾處築壩收束，未遑他顧也。十年，決淮揚馬棚灣。
同治五年，決清水潭。八年，河決蘭陽，漫水下注，運河堤墊殘缺更甚。自張秋以北，別無來源，歷年惟借黃濟運而已。九年，漕督張之萬請於黃流穿運處堅築南北兩堤，酌留運口為漕船出入門戶，並築草壩，平時堵閉以免倒灌。已下所司議，之萬旋改撫江蘇，繼任張兆棟以「既築堤束水留口門，又築壩堵閉，恐過水稍滯，而上遊一氣奔注，新築堤閘難當衝激。設奪運北趨，則東昌、臨清暨天津、河間，淹沒在所必至，北路衛河亦將廢壞。惟有於鄆城沮河一帶遏黃東流，即以保南路之運道，於張秋、八里廟等處疏運河之淤墊，即以通北上之漕行，較之築堤束水，稍有實際」。制可。
十年，侯家林河決，直注南陽、昭陽等湖，鄆城幾為澤國。漕督蘇鳳文言：「安山以北，運河全賴汶水分流，至臨清以上，始得衛水之助。今黃河橫亙於中，挾汶東下，安山以北毫無來源，應於衛河入運及張秋清黃相接處，各建一閘，蓄高衛水，使之南行，俟漕船過齊，即啟臨清新閘，仍放衛北流，以資浮送。並於張秋淤高處挑深丈餘，安山以南亦一律挑濬，庶黃水未漲以前，運河既深，舟行自易。」江督曾國籓言：「河運處處艱阻，如嶧縣大泛口沙淤停積，水深不及二尺，必須挑深四五尺，並將近灘石堆劃除，與河底配平，方利行駛。北則滕縣郗山口入湖要道，淺而且窄，微山湖之王家樓、滿家口、安家口，獨山湖之利建閘，南陽湖北之新店閘、華家淺、石佛閘，南旺閘分水龍王廟北之劉老口、袁口閘，處處淤淺，或數十丈至百餘丈，須一律挑深。此未渡黃以前，阻滯之宜預為籌辦者。至黃水穿運處，漸徙而南，自安山至八里廟五十五里運堤，盡被黃水沖壞，而十里鋪、姜家莊、道人橋均極淤淺，宜一面疏濬，一面於缺口排釘木椿，貫以巨索，俾船過有所依傍牽輓。此渡黃時運道艱滯，宜預為籌辦者。渡黃以後，自張秋至臨河二百餘裡，河身有高下，須開挖相等，於黃漲未落時，閉閘蓄水，以免消耗，或就平水南閘迤東築挑壩，引黃入運。此渡黃後運道易涸，宜預為籌辦者。東平運河之西有鹽河，為東省鹽船經行要道。若漕船由安山左近入鹽河，至八里廟仍歸運道，計程百餘裡，較之徑渡黃流，上有缺口大溜，下有亂石樹舂者，難易懸殊。如行抵安山，遇黃流過猛，宜變通改道，須先勘明立標為志。此又渡黃改道，宜預為籌辦者。」下河、漕督及東撫商籌。
十一年，河督喬松年請在張秋立閘，借黃濟運。同知蔣作錦則議導衛濟運。上詢之直督李鴻章，鴻章言：「當年清口淤墊，即借黃濟運之病。今張秋河寬僅數丈，若引重濁之黃以閘壩節宣用之，水勢抬高，其淤倍速。至作錦導衛，原因張秋北無清水灌運，故為此議。以全淮之強，不能敵黃，尚致倒灌停淤，豈一清淺之衛，遂能禦黃濟運耶？其意蓋襲取山東諸水濟運之法。不知泰山之陽，水皆西流，因勢利導，百八十泉之水，源旺派多，自足濟運。衛水微弱，北流最順，今必屈曲使之南行，一水兩分，勢多不便。若分沁入衛以助其源，沁水猛濁，一發難收，昔人已有明戒。近世治河兼言利運，遂致兩難，卒無長策。事窮則變，變則通。今沿海數千里，洋舶駢集，為千古以來創局，正不妨借海道轉輸，由氵扈解津，較為便速。」疏入，詔江、安糧道漕米年約十萬石仍由河運，餘仍由海運。光緒三年，東撫李元華條上運河上中下三等辦法，並言量東省財力，擬用中等，將北運河一律疏通，復還舊址，並建築北閘。時值年荒，寓賑於工，省而又省，需費三十萬有奇。下所司議。

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五年，有請復河運者。江督沈葆楨言：「以大勢言之，前人之於河運，皆萬不得已而後出此者也。漢、唐都長安，宋都汴梁，舍河運無他策。然屢經險阻，官民交困，卒以中道建倉，伺便轉餽，而後疏失差少。元則專行海運，故終元世無河患。有明而後，汲汲於河運。遂不得不致力於河防。運甫定章，河忽改道。河流不時遷徙，漕政與為轉移，我朝因之。前督臣創為海運之說，漕政於窮無復之之時，藉以維持不敝。議者謂運河貫通南北，漕艘藉資轉達，兼以保衛民田，意謂運道存則水利亦存，運道廢則水利亦廢。臣以為舍運道而言水利易，兼運道而籌水利難。民田於運道勢不兩立。兼旬不雨，民欲啟涵洞以溉田，官必閉涵洞以養船。迨運河水溢，官又開閘壩以保堤，堤下民田立成巨浸，農事益不可問。議者又太息經費之無措，舳艫之不備，以致河運無成。臣以為即使道光間歲修之銀與官造之船，至今一一俱存，以行漕於借黃濟運之河，未見其可也。近年江北所僱船隻，不及從前糧艘之半，然必俟黃流汛漲，竭千百勇夫之力以輓之，過數十船而淤復積。今日所淤，必甚於去日，而今朝所費，無益於明朝。即使船大且多，何所施其技乎？近因西北連年亢旱，黃河來源不旺，遂乃狎而玩之。物極必返，設因濟運而奪溜，北趨則畿輔受其害，南趨則淮、徐受其害，如民生何？如國計何？」
八年，伏秋大汛，張家灣運河自蘇莊至姚辛莊衝開新河一段，長七百餘丈，上下口均與舊河接，形勢順直，大溜循之而下。舊河上口至下口，長六千四百餘丈，業已斷流，惟新河身繫自行衝開，不能一律深通。明年，直督李鴻章飭制新式鐵口刮泥大板，在兩岸拖拉，使一律通暢。十二年，通州潮白河之平家甿漫口，東趨入箭桿河。未幾，堵復運河故道。十三年六月，復漫刷平家甿新工下之北市莊東小堤，並老堤續塌百數十丈，連成一口，奪溜東趨十之八。尋堵塞之。是年，河決鄭州，山東黃水斷流，漕船不能南下，向之借黃濟運者，至是束手無策。旋將臨口積淤疏挑，空船始得由黃入運。十五年，東撫張曜言：「河運未能久停，請改海運漕米二十萬仍歸河運。」從之。
十六年，用江督曾國荃言，修揚屬南運河堤閘涵洞，及附城附鎮專工。又用漕督松椿言，濬邳、宿運河。十九年，潮白河漲溢，運堤兩岸決口七十餘，上遊務關決口七。是冬均塞。二十年，濬濟寧、汶上、滕、嶧、茌平、陽穀、東平各屬運河。明年，濬陶城埠至臨清運河二百餘裡。二十四年，侍讀學士瑞洵言南漕改折，有益無損，請每年提折價在津購米以實倉庾。禦史秦夔揚亦言河漕勞費太甚，請停江北河運。皆不許，仍飭認真疏濬，照常起運。二十六年，聯軍入京師，各倉被占踞，倉儲粒米無存，江北河運行至德州，改由陸路運送山、陝。二十七年，慶親王奕劻、大學士李鴻章言：「漕糧儲積，關於運務者半，因時制宜，請詔各省漕糧全改折色，其採買運解收放儲備各事，分飭漕臣倉臣籌辦。」自是河運遂廢，而運河水利亦由各省分籌矣。 志一百三
○河渠三
△淮河永定河海塘

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