五月甲戌，停禦史巡按直省。免祥符等七縣九年災賦，沔陽、潛江、景陵八年災賦。乙亥，封鄭芝龍為同安侯，子成功為海澄公，弟鴻逵為奉化伯。以喀喀木為靖南將軍，征廣東餘寇。免歷城等六十九州縣八、九年災賦。丁醜，定旌表宗室節孝貞烈例。己卯，詔曰：「天下初定，瘡痍未復，頻年水旱，民不聊生，饑寒切身，迫而為盜。魁惡雖多，豈無冤濫，脅從沈陷，自拔無門。念此人民，誰非赤子，摧殘極易，生聚綦難，概行誅鋤，深可憫惻。茲降殊恩，曲從寬宥，果能改悔，鹹與自新。所在官司，妥為安插，兵仍補伍，民即歸農，不原還鄉，聽其居位，勿令失所。鹹使聞知。」庚辰，定熱審例。乙酉，追封舒爾哈齊為和碩親王，額爾袞、界堪、雅爾哈齊、祜塞為多羅郡王。免武昌、漢陽、黃州、安陸、德安、荊州、嶽州九年災賦。庚寅，加洪承疇太保，經略湖廣、廣東、廣西、雲南、貴州。壬辰，以張秉貞為刑部尚書。甲午，免霸、保定等三十一州縣九年災賦。
六月乙未朔，追封塔察篇古、穆爾哈齊為多羅貝勒。丁酉，諭曰：「帝王化民以德，齊民以禮，不得已而用刑。法者天下之平，非徇喜怒為輕重也。往者臣民獲罪，必下部議，以士師之任，職在明允。乃或私心揣度，事經上發，則重擬以待親裁；援引舊案，又文致以流刻厲。朕群生在宥，臨下以寬。在饑寒為盜之民，尚許自首，遐方未服之罪，亦予招扌巂。況於甿庶朝臣，豈忍陷茲冤濫？自後法司務得真情，引用本律，釒句距羅織，悉宜痛革，以臻刑措。」大學士高爾儼免。癸卯，復秋決朝審例。乙巳，命祖澤遠專督湖廣，孟喬芳兼督四川。丙午，免慈谿等五縣八年災賦。辛亥，賜故明殉難大學士範景文、戶部尚書倪元璐等及太監王承恩十六人謚，並給祭田，所在有司致祭。改折天下本色錢糧，行一條鞭法。癸醜，貝勒吞齊等敗孫可望於寶慶。庚申，以李率泰為兩廣總督。慈寧宮成。辛酉，增置內三院漢大學士，院各二人。癸亥，諭曰：「唐、虞、夏、商未用寺人，至周僅具其職，司閽闥灑掃、給令而已。秦、漢以來，始假事權，加之爵祿，典兵幹政，貽禍後代。小忠小信，固結主心；大憝大奸，潛持國柄。宮庭邃密，深居燕閒，淆是非以溷賢奸，刺喜怒而張威福，變多中發，權乃下移。歷覽覆車，可為鑒戒。朕酌古準今，量為設置，級不過四品。非奉差遣，不許擅出皇城。外官有與交結者，發覺一併論死。」
閏六月丙寅，以成克鞏為祕書院大學士，張端為國史院大學士，劉正宗為弘文院大學士。乙亥，以金之俊為吏部尚書。庚辰，諭曰：「考之洪範，作肅為時雨之徵，天人感應，理本不爽。朕朝乾夕惕，冀迓天休。乃者都城霖雨匝月，積水成渠，壞民廬舍，窮黎墊居艱食，皆朕不德有以致之。今一意修省，祗懼天戒。大小臣工，宜相儆息。」
秋七月甲午朔，上以皇太後諭，發節省銀八萬兩賑兵民潦災。辛醜，以宜永貴為南贛巡撫。庚戌，皇第二子福全生。辛酉，以安郡王嶽樂為宣威大將軍，率師駐防歸化城。

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八月壬午，以太宗十四女和碩公主下嫁平西王吳三桂子應熊。尚可喜克化州、吳川。甲申，定武職品級。丙戌，以雷興為河南巡撫。己醜，廢皇後為靜妃。辛卯，李定國犯平樂，府江道周永緒，知府尹明廷，知縣塗起鵬、華鍾死之。
九月壬子，復刑部三覆奏例。丙辰，耿繼茂、喀喀木克潮州。丁巳，孟喬芳討故明宜川王硃敬樕於紫陽，平之。
冬十月癸亥朔，命田雄移駐定海。乙醜，馬光輝等討叛將海時行於永城，時行伏誅。丙寅，遣濟席哈討山東土寇。乙酉，設粥廠賑京師饑民。免通、密雲等七州縣災賦。戊子，命大學士、學士於太和門內更番入直。
十一月甲午，祀天於圜丘。戊戌，鄭成功不受爵，優諭答之。戊申，以亢得時為河南巡撫。己酉，官軍討西寧叛回，平之。乙卯，硃瑪喇、金之俊免。丙辰，免江南災賦。戊午，劉清泰剿九仙山賊，平之。己未，免江西五十四州縣災賦。

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十二月丙寅，以陳泰為寧南靖寇大將軍，同藍拜鎮湖南。丁卯，以呂宮為弘文院大學士，博博爾代為議政大臣，馮聖兆為偏沅巡撫。辛未，幸南苑。甲戌，免金華八縣九年災賦。癸未，設兵部督捕官。以羅畢為議政大臣。甲申，免開封、彰德、衛輝、懷慶、汝寧九年、十年災賦。丙戌，鄭成功犯吳淞，官軍擊走之。丁亥，還宮。是夜，地震有聲。
是年，朝鮮，琉球，喀爾喀部土謝圖汗下索諾額爾德尼、額爾德尼哈談巴圖魯，厄魯特部顧實汗、顧實汗下台吉諾穆齊，索倫部巴達克圖，富喇村宜庫達，黑龍江烏默忒、額爾多科，烏思藏達賴喇嘛俱來貢。朝鮮再至。
十一年春正月辛醜，罷織造官。戊申，免江寧、安徽、蘇、松、常、鎮、廬、鳳、淮、徐、滁上年災賦。己酉，以袁廓宇為偏沅巡撫，胡全才撫治鄖陽。庚戌，廣東仁化月峒賊平。癸醜，鄭成功犯崇明、靖江、泰興，官軍擊走之。甲寅，以金礪為川陝三邊總督。乙卯，鄭成功犯金山。丁巳，免順德、廣平、大名、天津、薊州上年災賦。辛酉，官軍擊賊於桃源，誅偽總兵李陽春等。
二月癸亥，朝日於東郊。丙寅，諭曰：「言官為耳目之司，朕屢求直言，期遇綦切。乃每閲章奏，實心為國者少，比黨徇私者多，朕甚不取。其滌肺腸以新政治。」以金之俊為國史院大學士。庚午，甄別直省督撫，黜陟有差。丙子，始耕耤田。戊寅，免江西缺額丁賦。辛巳，命尚可喜專鎮廣東，耿繼茂移駐桂林。壬午，以馬鳴珮為宣大山西總督，耿焞為山東巡撫，陳應泰為山西巡撫，林天擎為湖廣巡撫，黃圖安為寧夏巡撫。癸未，官軍復平遠縣。甲申，諭曰：「比年以來，軍興未息，供億孔殷，益以水旱，小民艱食，有司失於拊循，流離載道。朕心惻然，不遑寢處。即核庫儲，亟圖賑撫。」己醜，免河南州縣衛所十年災賦。庚寅，以李廕祖為直隷山東河南總督。
三月壬辰，官軍擊桂東賊，擒其渠賴龍。戊戌，免湖廣襄陽、黃州、常德、嶽州、永州、荊州、德安及辰、常、襄三衛，山東濟南、東昌十年災賦。辛醜，寧完我劾陳名夏罪，鞫實，伏誅。乙巳，以王永吉為左都禦史。戊申，皇第三子玄燁生，是為聖祖。以蔣赫德為國史院大學士。乙卯，以多羅慧哲郡王額爾袞、多羅宣獻郡王界堪、多羅通達郡王雅爾哈齊配享太廟。以孟明輔為兵部尚書。
夏四月壬戌，賊渠曹志攀犯饒州，官軍擊敗之，志攀降。庚午，四川賊魏勇犯順慶，官軍擊敗之。壬申，地震。官軍擊故明將張名振等於崇明，敗之。癸酉，免雒南上年災賦三之一。己卯，幸南苑，賚所過農民金。乙酉，免保康等四縣上年被寇災賦。丁亥，以王永吉為祕書院大學士，秦世楨為浙江巡撫。戊子，江南寇徐可進、硃元等降。
五月壬辰，上還宮。甲午，幸西苑，賜大臣宴。庚子，以胡圖為議政大臣。甲辰，免平涼衛上年災賦。丙午，起黨崇雅為國史院大學士，以龔鼎孳為左都禦史。丁未，遣官錄直省囚。庚戌，免興安、漢陰、平利等州縣上年災賦。辛亥，太白晝見。丙辰，以楊麒祥為平南將軍，駐防杭州。
六月己未朔，河決大王廟。丙寅，陝西地震。丁卯，以硃瑪喇為靖南將軍，征廣東餘寇。甲戌，立科爾沁鎮國公綽爾濟女博爾濟錦氏為皇後。庚辰，大赦。
秋七月戊子朔，封琉球世子尚質為中山王。壬辰，免秦州、朝邑、安定災賦。戊申，免鎮原、廣寧二縣災賦。丙辰，以佟代為浙閩總督。
八月戊午朔，免延安府荒賦。己未，官軍剿瑞金餘寇，誅偽都督許勝可等。庚申，罷直省恤刑官，命巡撫慮囚。辛酉，免真寧縣十年災賦。壬戌，山東濮州、陽穀等縣地震有聲。甲戌，以張中元為江寧巡撫。丙子，以張秉貞為兵部尚書。庚辰，以傅以漸為祕書院大學士，任濬為刑部尚書。壬午，故明樂安王硃議氵朋謀反，伏誅。
九月己醜，範文程以病罷。免西安、平涼、鳳翔三府十年災賦。庚寅，封綫國安為三等伯。壬辰，申嚴隱匿逃人之禁。癸巳，免宣府、萬全右衛災賦。丙申，以董天機為直隷巡撫。壬子，以馮聖兆為延綏巡撫。

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