十月敕謙提督各營軍馬。而也先挾上皇破紫荊關直入，窺京師。石亨議斂兵堅壁老之。謙不可，曰：「奈何示弱，使敵益輕我。」亟分遣諸將，率師二十二萬，列陣九門外：都督陶瑾安定門，廣寧伯劉安東直門，武進伯硃瑛朝陽門，都督劉聚西直門，鎮遠侯顧興祖阜成門，都指揮李端正陽門，都督劉得新崇文門，都指揮湯節宣武門，而謙自與石亨率副總兵范廣、武興陳德勝門外，當也先。以部事付侍郎吳寧，悉閉諸城門，身自督戰。下令，臨陣將不顧軍先退者，斬其將。軍不顧將先退者，後隊斬前隊。於是將士知必死，皆用命。副總兵高禮、毛福壽卻敵彰義門北，擒其長一人。帝喜，令謙選精兵屯教場以便調用，覆命太監興安、李永昌同謙理軍務。
初，也先深入，視京城可旦夕下。及見官軍嚴陣待，意稍沮。叛閹喜寧嗾使邀大臣迎駕，索金帛以萬萬計，復邀謙及王直、胡濙等出議。帝不許，也先氣益沮。庚申，寇窺德勝門。謙令亨設伏空舍，遣數騎誘敵。敵以萬騎來薄，副總兵范廣發火器，伏起齊擊之。也先弟孛羅、平章卯那孩中砲死。寇轉至西直門，都督孫堂禦之，亨亦分兵至，寇引退。副總兵武興擊寇彰義門，與都督王敬挫其前鋒。寇且卻，而內官數百騎欲爭功，躍馬競前。陣亂，興被流矢死，寇逐至土城。居民升屋，號呼投磚石擊寇，嘩聲動天。王竑及福壽援至，寇乃卻。相持五日，也先邀請既不應，戰又不利，知終弗可得志，又聞勤王師且至，恐斷其歸路，遂擁上皇由良鄉西去。謙調諸將追擊，至關而還。論功，加謙少保，總督軍務。謙曰：「四郊多壘，卿大夫之恥也，敢邀功賞哉！」固辭，不允。乃益兵守真、保、涿、易諸府州，請以大臣鎮山西，防寇南侵。
景泰元年三月，總兵硃謙奏敵二萬攻圍萬全，敕范廣充總兵官禦之。已而寇退，謙請即駐兵居庸，寇來則出關剿殺，退則就糧京師。大同參將許貴奏，迤北有三人至鎮，欲朝廷遣使講和。謙曰：「前遣指揮季鐸、岳謙往，而也先隨入寇。繼遣通政王復、少卿趙榮，不見上皇而還。和不足恃，明矣。況我與彼不共戴天，理固不可和。萬一和而彼肆無厭之求，從之則坐敝，不從則生變，勢亦不得和。貴為介冑臣，而恇怯如此，何以敵愾，法當誅。」移檄切責。自是邊將人人主戰守，無敢言講和者。
初，也先多所要挾，皆以喜寧為謀主。謙密令大同鎮將擒寧，戮之。又計授王偉誘誅間者小田兒。且因諜用間，請特釋忠勇伯把台家，許以封爵，使陰圖之。也先始有歸上皇意，遣使通款，京師稍解嚴。謙上言：「南京重地，撫輯須人。中原多流民，設遇歲荒，嘯聚可虞。乞敕內外守備及各巡撫加意整飭。防患未然，召還所遣召募文武官及鎮守中官在內地者。」

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于時八月，上皇北狩且一年矣。也先見中國無釁，滋欲乞和，使者頻至，請歸上皇。大臣王直等議遣使奉迎，帝不悅曰：「朕本不欲登大位，當時見推，實出卿等。」謙從容曰：「天位已定，寧復有他，顧理當速奉迎耳。萬一彼果懷詐，我有辭矣。」帝顧而改容曰：「從汝，從汝。」先後遣李實、楊善往。卒奉上皇以歸，謙力也。

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上皇既歸，瓦剌復請朝貢。先是，貢使不過百人，正統十三年至三千餘，賞賚不饜，遂入寇。及是又遣使三千來朝，謙請列兵居庸關備不虞。京師盛陳兵，宴之。因言和議難恃，條上安邊三策。請敕大同、宣府、永平、山海、遼東各路總兵官增修備禦。京兵分隷五軍、神機、三千諸營，雖各有總兵，不相統一，請擇精鋭十五萬，分十營團操。團營之制自此始。具《兵志》中。瓦剌入貢，每攜故所掠人口至。謙必奏酬其使，前後贖還累數百人。
初，永樂中，降人安置近畿者甚眾。也先入寇，多為內應。謙謀散遣之。因西南用兵，每有征行，輒選其精騎，厚資以往，已更遣其妻子，內患以息。楊洪自獨石入衛，八城悉以委寇。謙使都督孫安以輕騎出龍門關據之，募民屯田，且戰且守，八城遂復。貴州苗未平，何文淵議罷二司，專設都司，以大將鎮之。謙曰：「不設二司，是棄之也。」議乃寢。謙以上皇雖還，國恥未雪，會也先與脫脫不花構，請乘間大發兵，身往討之，以復前仇，除邊患。帝不許。
謙之為兵部也，也先勢方張；而福建鄧茂七、浙江葉宗留、廣東黃蕭養各擁眾僭號；湖廣、貴州、廣西、瑤、僮、苗、僚所至蜂起。前後徵調，皆謙獨運。當軍馬倥傯，變在俄頃，謙目視指屈，口具章奏，悉合機宜。僚吏受成，相顧駭服。號令明審，雖勛臣宿將小不中律，即請旨切責。片紙行萬里外，靡不惕息。其才略開敏，精神盩厔，一時無與比。至性過人，憂國忘身。上皇雖歸，口不言功。東宮既易，命兼宮僚者支二俸。諸臣皆辭，謙獨辭至再。自奉儉約，所居僅蔽風雨。帝賜第西華門，辭曰：「國家多難，臣子何敢自安。」固辭，不允。乃取前後所賜璽書、袍、錠之屬，悉加封識，歲時一省視而已。
帝知謙深，所論奏無不從者。嘗遣使往真定、河間采野菜，直沽造乾魚，謙一言即止。用一人，必密訪謙。謙具實對，無所隱，不避嫌怨。由是諸不任職者皆怨，而用弗如謙者，亦往往嫉之。比寇初退，都御史羅通即劾謙上功簿不實。御史顧躭言謙太專，請六部大事同內閣奏行。謙據祖制折之，戶部尚書金濂亦疏爭，而言者捃摭不已。諸御史以深文彈劾者屢矣，賴景帝破眾議用之，得以盡所設施。
謙性故剛，遇事有不如意，輒拊膺嘆曰：「此一腔熱血，意灑何地！」視諸選耎大臣、勛舊貴戚意頗輕之，憤者益眾。又始終不主和議，雖上皇實以是得還，不快也。徐珵以議南遷，為謙所斥。至是改名有貞，稍稍進用，嘗切齒謙。石亨本以失律削職，謙請宥而用之，總兵十營，畏謙不得逞，亦不樂謙。德勝之捷，亨功不加謙而得世侯，內愧，乃疏薦謙子冕。詔赴京師，辭，不允。謙言：「國家多事，臣子義不得顧私恩。且亨位大將，不聞舉一幽隱，拔一行伍微賤，以裨軍國，而獨薦臣子，于公議得乎？臣于軍功，力杜僥倖，決不敢以子濫功。」亨復大恚。都督張軏以征苗失律，為謙所劾，與內侍曹吉祥等皆素憾謙。
景泰八年正月壬午，亨與吉祥、有貞等既迎上皇複位，宣諭朝臣畢，即執謙與大學士王文下獄。誣謙等與黃竑構邪議，更立東宮；又與太監王誠、舒良、張永、王勤等謀迎立襄王子。亨等主其議，嗾言官上之。都御史蕭惟禎定讞。坐以謀逆，處極刑。文不勝誣，辯之疾，謙笑曰：「亨等意耳，辯何益？」奏上，英宗尚猶豫曰：「于謙實有功。」有貞進曰：「不殺于謙，此舉為無名。」帝意遂決。丙戌改元天順，丁亥棄謙市，籍其家，家戍邊。遂溪教諭吾豫言謙罪當族，謙所薦舉諸文武大臣並應誅。部議持之而止。千戶白琦又請榜其罪，鏤板示天下，一時希旨取寵者，率以謙為口實。

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