盧生勸說始皇道：「我們尋找靈芝、奇藥和仙人，一直找不到，好像是有什麼東西傷害了它們。我們心想，皇帝要經常秘密出行以便驅逐惡鬼，惡鬼避開了，神仙真人才會來到。皇上住的地方如果讓臣子們知道，就會妨害神仙。真人是入水不會沾濕，入火不會燒傷的，能夠乘駕雲氣遨遊，壽命和天地共久長。現在皇上治理天下，還沒能做到清靜恬淡。希望皇上所住的宮室不要讓別人知道，這樣，不死之藥或許能夠得到。」於是始皇說：「我羨慕神仙真人，我自己就叫『真人』，不再稱『朕』了。」於是令咸陽四旁二百里內的二百七十座宮觀都用天橋、甬道相互連接起來；把帷帳、鐘鼓和美人都安置在裡邊，全部按照所登記的位置不得移動。皇帝所到的地方，如有人說出去，就判死罪。有一次皇帝幸臨梁山宮，從山上望見丞相的隨從車馬眾多，很不贊成。宦官近臣裡有人把這件事告訴了丞相，丞相以後就減少了車馬數目，始皇生氣地說：「這是宮中有人洩露了我的話。」經過審問，沒有人認罪，就下詔把當時跟隨在旁的人抓起來，全部殺掉。從此以後再沒有人知道皇帝的行蹤。處理事務，群臣接受命令，全在咸陽宮進行。
侯生、盧生一起商量說：「始皇為人，天性粗暴凶狠，自以為是，他出身諸侯，兼併天下，諸事稱心，為所欲為，認為從古到今沒有人比得上他。他專門任用治獄的官吏，獄吏們都受到親近和寵幸。博士雖然也有七十人，但只不過是虛設充數的人員。丞相和各位大臣都只是接受已經決定的命令，依仗皇上辦事。皇上喜歡用重刑、殺戮顯示威嚴，官員們都怕獲罪，都想保持住祿位，所以沒有人敢真正竭誠盡忠。皇上聽不到自己的過錯，因而一天更比一天驕橫。臣子們擔心害怕，專事欺騙，屈從討好。秦法規定，一個方士不能兼有兩種方術，如果方術不能應驗，就要處死。然而占侯星象雲氣以測吉凶的人多達三百，都是良土，然而由於害怕獲罪，就得避諱奉承，不敢正直地說出皇帝的過錯。天下的事無論大小都由皇上決定，皇上甚至用稱來稱量各種書寫文件的竹簡木簡的重量，日夜都有定額，閱讀達不到定額，就不能休息。他貪於權勢到如此地步，咱們不能為他去找仙藥。」於是就逃跑了。始皇聽說二人逃跑，十分惱怒地說：「我先前查收了天下所有不適用的書都把它們燒掉。徵召了大批文章博學之士和有各種技藝的方術之士，想用他們振興太平，這些方士想要煉造仙丹尋找奇藥。今天聽說韓眾逃跑了不再還報。徐市等人花費的錢以數萬計算，最終也沒找到奇藥，只是他們非法謀利互相告發的消息傳到我耳朵裡。對盧生等人我尊重他們，賞賜十分優厚，如今竟然誹謗我，企圖以此加重我的無德。這些人在咸陽的，我派人去查問過，有的人竟妖言惑眾，擾亂民心。」於是派御吏去一一審查，這些人輾轉告發，一個供出一個，始皇親自把他們從名籍上除名，一共四百六十多人，全部活埋在咸陽，讓天下的人知道，以懲戒以後的人。征發更多的流放人員去戌守邊疆。始皇的大兒子扶蘇進諫說：「天下剛剛平定，遠方百姓還沒有歸附，儒生們都誦讀詩書，傚法孔子，現在皇上一律用重法制裁他們，我擔心天下將會不安定，希望皇上明察。」始皇聽了很生氣，就派扶蘇到北方上郡去監督蒙恬的軍隊。
三十六年（前211），火星侵入心宿（ｘｉu，秀），這種天象象徵著帝王有災。有顆隕星墜落在東郡，落地後變為石塊，老百姓有人在那塊石頭上刻了「始皇帝死而土地分。」始皇聽說了，就派御史前去挨家查問，沒有人認罪，於是把居住在那塊石頭周圍的人全部抓來殺了，焚燬了那塊隕石。始皇不高興，讓博士作了一首《仙真人詩》，等到巡行天下時，走到一處就傳令樂師彈奏唱歌。秋天，使者從關東走夜路經過華陰平舒道，有人手持玉璧攔住使者說：「替我送給滈（ｈaｏ，皓）池君。」趁便說：「今年祖龍死。」使者問他緣由，那人忽然就不見了，放下那真玉璧離去。使者捧回玉璧向秦王陳述了所遇見的情況。始皇沉默了好一會，說：「山裡鬼怪本來不過能預知一年的事。」當時已是秋季，始皇說今年的日子已不多，這話未必能應驗。到退朝時他又說：「祖龍就是人的祖先。」故意把「祖」解釋成祖先，祖先是已死去的人，因此「祖龍死」自然與他無關。始皇讓御府察看那塊玉璧，竟然是始皇二十八年出外巡視渡江時沉入水中的那塊。於是始皇為此事進行占卜，占卜的結果是遷徙才吉利。遷移三萬戶人家到北河、榆中地區，每戶授給爵位一級。

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三十七年（前210）十月癸丑日，始皇外出巡遊。左丞相李斯跟隨著，右丞相馮去疾留守京城。少子胡亥想去巡遊，要求跟隨著，皇上答應了他。十一月，走到雲夢，在九疑山遙祭虞舜。然後乘船沿長江而下，觀覽籍柯，渡過海渚（ｚｈ□，煮），經過丹陽，到達錢塘。到浙江邊上的時候，水波凶險，就向西走了一百二十里，從江面狹窄的地方渡過。登上會稽山，祭祀大禹，遙望南海。在那裡刻石立碑，頌揚秦朝的功德。碑文是：

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皇帝功業偉大，統一平定天下，德惠深厚久長。三十七年，親自巡行天下，遍遊觀覽遠方。登臨會稽山峰，考察民間習俗，百姓恭敬景仰。群臣齊頌功德，推原皇帝事跡，追溯英明高強。秦朝聖王登位，創製刑法名稱，闡述舊有規章。建立公平法則，審慎區分職責，確立永久綱紀。六國之王專橫，貪利傲慢凶狠，憑借人多逞強。暴虐橫行無忌，倚仗武力驕橫，屢動干戈打仗。暗中安置坐探，聯合六國合縱，行為卑鄙猖狂。對內說謊狡詐，向外侵我邊境，由此引起禍殃。仗義揚威誅討，消滅凶暴叛逆，亂賊終於滅亡。聖德廣博深厚，天地四海之內，恩澤覆蓋無疆。皇帝統一天下，一人兼理萬機，遠近到處清明。執掌管理萬物，考察驗證事實，分別記錄其名。貴賤都能相通，好壞當前陳述，無人隱瞞實情。治有過揚道義，有夫棄子而嫁，背夫不貞無情。以禮分別內外，禁止縱慾放蕩，男女都應潔誠。丈夫在外淫亂，殺了沒有罪過，男子須守規程。妻子棄夫逃嫁，子不認她為母，都要感化清正。治理蕩滌惡俗，全民承受教化，天下沐浴新風。人人遵守規矩，和好安定互勉，無不順從命令。百姓美善清潔，全都自願守法，樂保天下太平。後人敬奉聖法，大治大安無邊，車船不翻不傾。眾臣頌揚功業，請求刻石作銘，傳千古放光明。
始皇返回，途經吳地，從江乘縣渡江。沿海岸北上，到達琅邪。方士徐市等人入海尋找仙藥，好幾年也沒找到，花費錢財很多，害怕遭受責罰，就欺騙說：「蓬萊仙藥可以找到，但常被大鯊魚困擾，所以無法到達，希望皇上派善於射箭的人一起去，遇到大鯊魚就用裝有機關可以連續發射的弓弩射它。」始皇作夢與海神交戰，海神的形狀好像人。請占夢的博士給圓夢，博士說：「水神本來是看不到的，它用大魚蛟龍做偵探。現在皇上祭祀周到恭敬，卻出現這種惡神，應當除掉它，然後真正的善神就可以找到了。」於是命令入海的人攜帶捕大魚的工具，親自帶著有機關的弓弩去等候大魚出來以便射它。從琅邪向北直到榮成山，都不曾遇見。到達之罘的時候，遇見了大魚，射死了一條。接著又沿海向西進發。

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